Morro de São Paulo não é um lugar conhecido unicamente por suas belezas naturais e cultura rica. Nesta ilha se respira muita história também. Seu descobrimento foi no ano 1531, atribuído ao navegador português Martin Afonso de Souza. Teve grande influência no período colonial e em sua história foi alvo de pirataria e contrabando de mercadorias. Chegou a presenciar a Segunda Guerra Mundial quando os nazistas torpedearam e naufragaram os navios Arará e Itagiba em frente à Primeira Praia de Morro de São Paulo. Este motivo fez o Brasil entrar na Segunda Guerra Mundial.
Antes dos portugueses chegarem a Morro de são Paulo quem vivia nessas terras eram os índios Aimorés e Guerés. O povoamento chegou apenas quando em 1534 o atual Rei de Portugal D. João III dividiu o litoral baiano em três capitanias, uma delas a Capitania de Ilhéus, onde está presente o arquipélago de Tinharé – onde está Morro de São Paulo. Assim, no dia de São Paulo (29 de julho) o tenente Francisco Romero escolheu Morro de São Paulo para ser a sede da capitania.
Surgiu então o primeiro povoado europeu. A sede não durou muito tempo e foi trocada de local. Porém a colonização continuou e não parou mais. E sua função como local estratégico também continuou. No ano 1630 a Fortaleza Tapirandú começou a ser construída para defender a capital de ataques holandeses e de roubo das mercadorias. A construção da Igreja Nossa Senhora da Luz – nome de sua padroeira – foi em 3 etapas, a primeira delas em 1628. Sua finalização foi apenas no ano de 1845.
As casas e a população foram aumentando, e em 1746 iniciaram as obras da Fonte Grande para que a população e as tropas tivessem fornecimento de água. Antigos moradores contam que a não tanto tempo atrás os moradores tomavam banhos coletivos devido à falta de água encanada.. Em 1848 a construção do Farol de Morro de São Paulo foi iniciada. Foi construído com o objetivo de facilitar o acesso a cidade de Valença.
Até pouco tempo atrás ainda era um lugar tranqüilo de se viver. Nativos do local contam que a sobrevivência era basicamente a pesca. Um pequeno vilarejo onde até a década de 70 não havia telefone e luz elétrica. A luz elétrica só veio para ilha em 1985.
Atualmente Morro de São Paulo é um dos destinos tropicais mais procurados pelos turistas dos quatro cantos do mundo. Mas isso não foi sempre assim. Na década de 70 quando os primeiros veranistas surgiram à pacata vila não imaginava o que estria por acontecer. Os veranistas que alugavam as casas de pescadores começaram a construir suas próprias casas de veraneio. E quando os mochileiros e hippies descobriram a ilha espalharam através de seus relatos a beleza e encantamento pelo lugar.
Então os turistas chegaram e as casas do pequeno vilarejo viraram hotéis, pousadas e restaurantes. Mas é claro, ainda mantendo suas belezas naturais. Porém o crescimento não e as construções desordenadas começaram a aparecer também. Mas Morro de São Paulo ainda é um pedaço de paraíso que encanta a seus moradores e visitantes, que às vezes apaixonados pelo lugar resolvem troar a agitada vida na cidade por uma charmosa ilha. Existem tantos estrangeiros e gente do Brasil todo que vive em Morro de São Paulo que o lugar já tem uma cultura eclética que os incorpora. Com certeza é um belo lugar para se viver ou apenas visitar.